독도는 해저 약 2,000m에서 솟은 용암이 굳어져 형성된 화산섬으로, 대략 460만 년 전부터 약 250만 년 전에 형성되었으며, 울릉도(약250만 년 전)보다 약 200만 년, 제주도(약120만 년 전)보다는 약 340만 년 앞서 생성되었다고 볼 수 있다. 그러나 오랜 세월동안 거친 바람과 파도에 꺾이면서 오늘날의 모습을 하고 있다. 현재의 전체 면적은 187,554㎡이다.
독도는 주요 섬인 동도와 서도외의 부속도서 89개의 작은 돌섬과 암초를 거느리고 있으며, 대체적으로 화산활동으로 인해 분출된 알칼리성 화산암으로 구성되어 있다. 그리고 대부분의 암석은 현무암과 조면암으로 구성되어 있다. 동도와 서도는 폭 151m(간조시 해안선 기분 최단거리)로 서로 나뉘어져 마주보고 서 있다.
동남쪽에 위치한 동도는 높이 98.6m, 둘레 2.8Km, 면적 73,297㎡로 유인등대를 비롯한 대부분의 해양수산시설이 설치되어 있으며, 500톤급 선박이 접안할 수 있는 1,945㎡(588평)에 이르는 동도선착장이 마련되어 있어 매일 독도를 찾는 관광객들을 맞이하고 있다. 또한 빗물과 담수화 시설을 마련해 하루 1,500ℓ 정도 식수를 생산하고 있어 엄연한 대한민국 국민들의 삶의 터전임을 보여주고 있다.
서북쪽에 위치한 서도는 높이 168.5m, 둘레 2.6Km, 면적 88,740㎡로 정상부가 험준한 원추형을 이루고 있다. 현재 어민숙소 1동이 들어서 있어 어민들이 비상시에 대피소로 사용하고 있다. 이외에 부속도서의 면적은 25,517㎡이고, 가재바위, 독립문바위, 촛대바위, 얼굴바위 등 각양각색의 모양을 한 부속도서들이 있다. 이러한 독도의 인근해역은 청정수역으로 한류와 난류가 만나고 있어 연안어장과 대화퇴어장이 형성되어 있어 황금어장을 이루고 있다 해도 과언이 아니다. 또한 지질학적, 생태학적, 사회학적인 가치는 물론, 군사/전략적 가치에서도 큰 의미를 지니고 있다.
현재 영토분쟁의 중심에 서 있는 독도는 문헌상으로 『삼국사기』"신라본기"에서 밝혀진 바, 지증왕 13년(512)에 우산국을 복속시킴으로써 서기 512년 이래 독도는 명백한 우리 땅이었다.
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